Il Laboratorio di Topografia della Sede di Bologna si trova al piano seminterrato della biblioteca di Archeologia nel Complesso di San Giovanni in Monte. Lo spazio è attrezzato con strumenti per la didattica e per la ricerca legata ad alcuni progetti di topografia, cartografia, telerilevamento, geognostica applicata all'archeologia.
Vi sono localizzati anche alcuni importanti archivi cartografici, come la raccolta delle levate storiche dell'Istituto Geografico Militare Italiano (in corso di digitalizzazione), per la consultazione dei quali sono stati predisposte adeguate postazioni.
All'interno del Laboratorio si tengono i laboratori didattici di topografia, geofisica, GIS, telerilevamento e rilievo degli apparati decorativi per l'archeologia.