L'analisi multidisciplinare del contesto ha previsto anche un'accurata ricerca geoarcheologica che ha riguardato l'intero settore su cui sorge il complesso monumentale di San Giovanni in Monte, sia attraverso la raccolta e revisione dei dati provenienti da indagini diagnostiche pregresse, sia attraverso la realizzazione ex-novo di prospezioni geofisiche, condotte con metodo GPR (Ground Penetrating Radar). L'integrazione dei risultati forniti da sondaggi meccanici industriali, sondaggi manuali, osservazioni e letture stratigrafiche e dalle ultime indagini geofisiche, ha così permesso di leggere l'area del colle di San Giovanni anche da un punto di vista geologico-strutturale e geomorfologico, al fine di approfondire la conoscenza del sito e delle dinamiche di occupazione e sfruttamento umano in rapporto alla geografia fisica e alle sue trasformazioni in epoca storica. Dalle nuove ricerche geognostiche provengono inoltre alcune interessanti suggestioni sul potenziale archeologico ancora sepolto nella zona.